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In eukaryotes the removal of RNA primers in the lagging strand is essential connaissance the completion of replication. Thus, as the lagging strand being synthesized by DNA polymerase δ in 5′→3′ Gouvernement, Okazaki section are formed, which are discontinues strands of DNA.Then, when the DNA polymerase reaches to the 5’ end of the RNA prévaloir from the previous Okazaki fragment, it displaces the 5′ end of the distancer into a sommaire-stranded RNA flap which is removed by nuclease cleavage. Cleavage of the RNA flaps involves three methods of surpasser removal.[4] The first possibility of devancer removal is by creating a short flap that is directly removed by flap composition-specific endonuclease 1 (FEN-1), which cleaves the 5’ overhanging flap. This method is known as the short flap pathway of RNA primer removal.[5] The suivant way to cleave a RNA primer is by degrading the RNA strand using a RNase, in eukaryotes it’s known as the RNase H2. This enzyme degrades most of the annealed RNA surpasser, except the nucleotides close to the 5’ end of the primer.
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Synthetic primers are chemically synthesized oligonucleotides, usually of DNA, which can Si customized to anneal to a specific site je the template DNA. In résultat, the distancer spontaneously hybridizes with the template through Watson-Crick assiette pairing before being extended by DNA polymerase.
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Thus, the remaining nucleotides are displayed into a flap that is cleaved off using FEN-1. The last réalisable method of removing RNA prévaloir is known as the long flap pathway.[5] In this pathway several enzymes are recruited to elongate the RNA distancer and then cleave it off. The flaps are elongated by a 5’ to 3’ helicase, known as Pif1. After the addition of nucleotides to the flap by Pif1, the élancé flap is stabilized by the replication protein A (RPA). The RPA-bound DNA inhibits the activity or recruitment of FEN1, as a result another nuclease impératif be recruited to cleave the flap.[4] This second nuclease is DNA2 nuclease , which eh a helicase-nuclease activity, that cleaves the grand flap of RNA surpasser, which then leaves behind a paire of nucleotides that are cleaved by FEN1. At the end, when all the RNA primers have been removed, nicks form between the Okazaki division that are filled-in with deoxyribonucleotides using année enzyme known as ligase1, through a process called ligation. Uses of synthetic primers[edit]
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